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答案应为B、D、E。
合同中的纠纷处理方法一般应为仲裁或者诉讼。因而，选项A不正确。
矿业工程施工属于高危行业，安全事故造成的损失和影响通常都是巨大的，因此，安全施工是矿业工程的重要指标，也理所当然成为合同内容的重要一部分。因而，选项B正确。
矿业工程由于其特殊性，特别是地质情况的不确定性，其内容变更也会更加频繁，因此矿业工程的合同变更会显得更加重要。
矿业工程合同通常都有约定的地质条件及相关环境。比如立井施工会有井筒最大涌水量的约定，如果超过一定的涌水量，除了增加施工难度和成本外，还有可能引起施工工艺的重大变化，比如增加工作面预注浆或是改成冻结法施工；或者是复杂的二三期工程施工过程中发现地质资料没有达到预期的目标而进行工作面探水、瓦斯等额外工作，都是矿业工程合同变更的依据。因而，选项C不正确。
合同所采用的计价方法及合同价格所包括的范围，如固定总价合同、单价合同、成本加酬金合同等；工程款结算的方法和时间；合同价格的调整、计价依据、拖欠工程款的责任等。应与项目性质息息相关。因而，选项D正确。
如果合同一方未遵守合同规定，造成对方损失，应受到相应的合同处罚。通常分析：
(1)承包商不能按合同规定工期完成工程的违约金或承担业主损失的条款。
(2)由于管理上的疏忽造成对方人员和财产损失的赔偿条款。
(3)由于预谋或故意行为造成对方损失的处罚和赔偿条款。
(4)由于承包商不履行或不能正确地履行合同责任，或出现严重违约时的处理规定。
(5)由于业主不履行或不能正确履行合同责任，或出现严重违约时的处理规定，特别是对业主不及时支付工程款的处理规定。
因而，选项E正确。
综上所述，本题答案应为B、D、E。