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一般来说，基金管理人合规部门的合规检查包括：(1)公司是否独立运作；(2)公平交易制度建设及执行情况。(3)重大关联交易的执行情况。(4)公司员工特别是投资、研究人员及其配偶、利害关系人的证券投资活动管理制度是否健全有效，是否存在利用基金未公开信息获取利益的情况。(5)基金公司投资决策的依据，以及公司的规定和投资决策流程是否有被突破。(6)风险管理制度是否涵盖了不同风险控制环节；是否涵盖了对各类产品、业务的各类风险的管理；是否涵盖了基金运作及公司日常管理主要的业务风险，特别是投资风险、后台运营风险和信息技术系统风险等；是否建立了有效的子公司业务风险管理制度和母子公司业务防火墙制度、关联交易制度等，防范可能出现的风险传递、利益冲突和利益输送。