甲、乙、丙三个发起人设立了正大纺织有限公司，公司经营多年后，甲打算将其持有的30％的股份转让给第三人丁。甲将转让股份的具体情况书面告知乙丙。乙表示同意转让，丙表示反对转让。事后甲认为其本人与乙都同意转让，所以已经符合法定的过半数通过的条件，遂要求公司协助其办理股权变更登记手续，但遭到公司的拒绝。公司的理由是：第一、甲转让股权给第三人应当召开公司股东会进行表决，但事实上甲只是采用书面通知的方式进行；第二、股东将股权转让给第三人，需要股东过半数通过，但这半数不应当包括转让者本人；第三、股份转让需要修改公司章程，也必须经股东会表决通过，但事实上公司还未就公司章程修改召开过股东会。问题如下：（1）公司所说的三条理由是否成立？为什么？（2）你认为本案应当如何处理？